Nació en Ginebra, Suiza, en 1965. Es considerado el hombre más rico de su país. Su padre es el propietario de la empresa Serono International SA (biotecnología). Estudió en Babson College, en el estado de Massachusetts (Estados Unidos), y accedió a la Universidad de Harvard, donde obtuvo un máster en administración de empresas.
En 1995 volvió a Suiza y su padre le cedió el 80 % de la empresa. Al año siguiente, cuando tenía 30 años, Ernesto paso a ser el presidente de la compañía tras el fallecimiento de su padre. A los productos de biotecnología avanzada se unieron los farmacéuticos, un negocio que, en poco tiempo, convirtió a Bertarelli en el hombre más rico de Suiza.
Su pasión por navegar viene desde que era niño. Ha sido la Bol d’Or (1997, 2000, 2001, 2002 y 2003), ganador de la Sardinia Cup (1998) y campeón del mundo de la clase 12 m y de la Farr 40 (2001).
En el 2003 ganó la Copa América con su barco, el Alinghi, arrebatándosela al Team New Zeland. El nombre de la embarcación lo impuso su padre antes de morir porque Ernesto no paraba de repetir esa palabra inventada. En 2007 volvió a ganar la Copa América. Sin embargo, en esta última edición, Alinghi ha sido derrotado por el BMW Oracle… ¿estará Bertarelli en la 34 America’s Cup?